1 创新举措
2001年11月， 中国科学院 遗传 研究所与 中国科学院 发育生物学研究所 整合之后，将 《遗传学报》、《遗传》 等 编辑部合并，组建为编辑室 ， 室主任和编辑竞聘上岗，人员统一管理，经费统一使用，资源统一配置， 提高了工作效率。
2003年1月，开通中国遗传网 (www.Chinagene.cn)，实现《遗传学报》和《遗传》全文上网。 在建立审稿专家信息库 的基础上，协助主编面向海内外遴选编委，组建了新一届编委会。
2004年1月1日起，全面实行网上投稿和网上送审，提高了审稿效率，缩短了出版周期。
2005年6月，中国遗传网改版升级。
2006年，《遗传学报》改为英文版,与ELSEVIER出版集团合作出版；《遗传》改为月刊，增加信息量，缩短出版周期。
2007年,《遗传学报》外文刊名变更为: Journal of Genetics and Genomics。
2008年,《遗传学报》被SCI-E收录。
2 开门办刊
立足国内，面向世界，利用各种机会安排编辑人员参加国内外学术活动，结识专家学者，了解学科进展，组稿约稿。 张贴展板、散发刊物和光盘，积极宣传刊物，扩大期刊影响。
3 人才培养
主办单位领导十分重视期刊工作，编辑部十分注重对年轻编辑人员的培养，鼓励和支持他们参加进修和业务学习。面向社会公开招聘了2名硕士学位、2名博士学位的编辑人才，为编辑室增加了新鲜血液 ，充实了编辑力量，改善了人员结构 。
重视对青年学者的培养，优先发表学位论文，使大批学子按时毕业并获得学位；对提职晋升人员的成果尽量 优先发表， 使一批批科技人员顺利参加晋升职称。
4 跨越发展
在美国化学文摘 （ CA ） 收录的基础上， 近年内刊物新增加的收录系统有 ： 生物学文摘 (BA) 、 Medline 、 俄罗斯文摘杂志 （ AJ ） 等。在国内被17种文摘与数据库收录。 《遗传》已正式被美国NCBI网站收录。2008年，《遗传学报》被SCI-E收录。
2004年5月， 《 中国知识资源总库 》 编辑委员会给《遗传学报》和《遗传》颁发了 “ 中国科技期刊精品数据库 ” 收录证书 ，两刊双双进入精品期刊行列 。
北京大学图书馆等单位编写的《中文核心期刊要目总览》（第四版 ）将《遗传学报》确定为综合性生物类、农学，农作物类的核心期刊；《遗传》被确定为综合性生物类核心期刊。
2007年11月15日，中国科学技术信息研究所在北京发布了“2007年版中国科技期刊引证报告（核心版）”。其中《遗传》2006年总被引频次为1212，在1723种科技核心期刊中总排序第220位，较上年的第282位上升了62位；在生物学类期刊中排名第11位，较上年的第20位上升了9位。《遗传》2006年影响因子为0.717，在科技核心期刊中总排序第255位，较上年的第379位跃升了124位；在59种生物学类核心期刊中排名第16位，较上年的第26位上升了10位。
近年来， 《遗传学报》分别被评为“中国期刊方阵双百期刊”、 第二届 “国家期刊奖百种重点期刊” 和 “百种中国杰出学术期刊”。 2005年2月， 《遗传学报》获得第三届“国家期刊奖提名奖”。
2006－2008年, 《遗传学报》连续获得中国科协精品科技期刊工程项目(B类)资助。
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